Far Manager — консольная программа, поэтому запускать её (его?) надо с помощью wineconsole --backend=user far.exe
По умолчанию Wine работает «как Windows 2K»; при этом командная строка Far не понимает параметров (dir запустить можно, а dir /w приводит к поиску файла «dir /w»). Чтобы командная строка заработала, надо в winecfg поставить, что far.exe запускается «как Windows 98».
При использовании KDE придётся разрешать конфликт «горячих клавиш» (Alt-F1, Alt-F2 и т. п.). Я просто убрал их из KDE, но есть, наверное, способ удобнее?
С версии 1.80 Far Manager распространяется под свободной лицензией; для того, чтобы воспользоваться более ранними версиями, не забудьте зарегистрировать Far (см. файл License.xUSSR.txt)