В языке действительно этой команды быть не должно, это «неправильная» команда.
Вместо импорта с STDIN, думаю, лучше написать простой скрипт на awk, который сконвертирует данные из любого удобного вам построчного формата в код на SQL
Насчёт неработоспособности бинарника с импортом из STDIN — пожалуйста, сформируйте testcase, я проверю его, и проинформирую автора.
Возможно вам есть смысл самим добавить багрепорт на http://www.sqlite.org