gnuplot – удобная прога, позволяющая отрисовывать всевозможные, в том числе трехмерные грфики произвольных функций, данных и т.п. Исключительно удобна для генерации 2d – графиков. Ьолее мощная программа для обработки и визуализации многомерных данных – Open DX?(www.opendx.org), изначально разработанный IBM-ом, какое-то время назад выложен под GPL.
Обе эти программы по сути являются интерпретаторами неких своих языков, специально заточенных под задачи визуализации численных данных. Open DX? имеет так же GUI, который по графу, задающему преобразования данных, генерирует программу для интерпретатора. Для gnuplot существует несколько свободных GUI, решающих аналогичную задачу.
Еще полезно отметить Image Magick? и его набор программ, позволяющих в скриптах или из командной строки преобразовывать графические файлы.