Если в ходе обновления у Вас отказался работать rpm и перестройка базы не помогает его оживить, можно воспользоваться программой rpmi из того же пакета. Если апт ещё сохраняет работоспособность, то продолжить обновление с его помощью, может помочь внесение строки Dir::Bin::rpm «/usr/lib/rpm/rpmi»; в файл /etc/apt/apt.conf.