Точнее, gcc4.1 из Sisyphus (уже с включенными по умолчанию -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector).
Вообще говоря, обычно проблемы из-за того, что авторы линкуются напрямую ld, без gcc; в таком случае достаточно исправить линковку на gcc, а передаваемые линкеру опции предварить -Wl, (например, -Wl,--as-needed).
Если программа специфична (realmode или ещё что подобное) или пакет ценен, но возможности исправить сборку в дополнительно защищённый бинарник не получается — можно отключить stack protector:
(Damir Shayhutdinov)