Возможно, это возникает как раз из-за неправильного --prefix. Впрочем, в
некоторых случаях приходится использовать хаки типа
%__subst 's|^\(hardcode_into_libs\)=.*$|\1=no|' libtool
(правка сгенерированного libtool между configure и make).
vsu@ в sisyphus@
Еще один возможный выход из сложившейся ситуации приведен здесь?.