Просто движок на MySQL изначально точно работает нормально.
Для простых Web-приложений все-таки лучшей базой является именно MySQL.
Для более сложных (или объёмных) — PostgreSQL.
В Web sqlite уготовано место исключительно блогов и прочего, где минимально количество записей.
sqlite превосходен, когда небольшое количество запросов, и когда операции записи редки, и редко задействуют несколько таблиц. При более-менее сложных операциях плох, ибо блокировку отдельных строк он не делает, и во время транзакции блокирует базу целиком (даже не отдельную таблицу).