Trac FCGI периодически выпадает на каких-то специфических запросах (ссылках), я поднимаю его автоматически с помощью monit =).
Кроме того, для trac понадобились некоторые патчи, я приложил их в пакете для ALTLinux, см.
http://backports.altlinux.ru/srpm/trac. Или сообщите Ваши версии nginx и trac и дистрибутив.
