в секции %files должны быть указаны только те файлы и каталоги, которые принадлежат собираемому пакету.
если написать

то каталоги /usr/bin, /usr/lib/menu и /usr/share будут показаны как принадлежащие вашему пакету, что очевидно неверно.
в то же время если указывать только файлы, родительский каталог будет создан автоматически, но не будет принадлежать ни одному пакету, что тоже неправильно.

Нужно прописывать *каталоги*, принадлежащие Вашей программе, и *только* их. Все остальные файлы описывать как файлы (а не содержащие их каталоги):

не %_bindir, а %_bindir/*
не %_iconsdir, а %_iconsdir/*/*/*/*
не %_datadir/applnk, а %_datadir/applnk/Utilities/*

но: не 

а весь *каталог*