по мотивам http://lists.altlinux.ru/pipermail/sisyphus/2005-July/063255.html и экспериментов:

в настоящее время при dist-upgrade lvm2 выносит lvm. Но (опять же, в настоящее время) lvm2 на ядрах 2.4 не работает вообще. Чем это грозит:
на ядрах 2.4 lvm2 отказывается работать с сообщением: [root@gns root]# vgchange vgchange.lvm1: execvp failed: No such file or directory [root@gns root]# pvcreate /dev/hdd2 pvcreate.lvm1: execvp failed: No such file or directory ну и, соответственно, если скажем делать dist-upgrade с поднятым lvm, он уже не сможет деактивироваться. соответственно, не закроется md если lvm на зеркале.
Поэтому использующим ядра 2.4 и lvm необходимо поставить его на hold (это касается системных каталогов на lvm. Для других случаев достаточно будет остановить lvm перед обновлением).

Мной готовится пакет lvmcompat который позволит использовать lvm2 на ядрах ветки 2.4, после его выхода лучше все-таки обновиться.

На ядрах 2.6:
под ядром 2.6 lvm2 видит тома созданные lvm1 и нормально работает с ними. pv созданные lvm2 не могут быть добавлены к vg 1, но можно использовать pvcreate -M 1 или соответствующий параметр в конфиге. после манипуляций с томами вернулся на 2.4 и lvm1 - проблем не замечено.

есть одна засада с udevd: поскольку lvm активируется до запуска сервисов, то udev перекрывает /dev и volume groups уже не видно. Соответственно что смонтировалось - продолжает работать, но манипулировать ими уже нельзя. dumb workaround: vgchange -an; vgchange -ay для рабочей системы это не подходит (если скажем на lvm usr с var).
см. #7369 либо отключите udev.